Na sua missão de apoiar a inovação e empreendedorismo, a Agência Nacional de Inovação é responsável pela intervenção em seis programas operacionais do Portugal 2020. São eles o Compete 2020 e os cinco programas operacionais regionais do continente (Norte 2020, Centro 2020, Lisboa 2020, Alentejo 2020 e Algarve 2020).