Com vista a monitorizar e avaliar em que medida o desempenho do Sistema Nacional de Inovação contribui para a concretização da ENEI 2030, desenvolveu-se o sistema abaixo (ver figura 3), baseado em 4 pilares, o qual combina recurso a informação quantitativa e qualitativa. Desta forma, espera-se que a implementação e resultados da ENEI 2030 possam ser avaliados, a diferentes níveis, recorrendo à melhor evidência disponível em cada momento.
Figura 3 - Sistema de Monitorização e Avaliação da ENEI 2030
Como resultado da implementação da ENEI 2030, espera-se que ocorra uma mudança estrutural na economia nacional devido ao desenvolvimento de novas especializações. Um dos instrumentos essenciais para que essa mudança ocorra é a seletividade e concentração dos investimentos em I&D e outras atividades de inovação em determinados domínios prioritários, o que permitirá a convergência de investimentos em projetos ao longo desses domínios, criando-se as condições para que, no longo prazo, tenha lugar um alinhamento e extensão das cadeias de valor.
A concentração/especialização dos investimentos em I&D e inovação em determinadas áreas prioritárias, contribuirá para que se criem as condições para que a economia nacional se afirme em NOVAS áreas de atividade onde tenha vantagem competitiva relativamente a outras economias. Isso não implica, necessariamente, que se abandonarão outros domínios de atividade que não sejam diretamente apoiados no âmbito da ENEI 2030. Aliás, é até desejável que os domínios que forem prioritários deverão impulsionar outras áreas de atividade já existentes na economia nacional, dando-lhes nova força e vigor.